ОФНКристаллография Crystallography Reports

  • ISSN (Print) 0023-4761
  • ISSN (Online) 3034-5510

Исследование предкристаллизационного раствора лизоцима методом ускоренной молекулярной динамики

Код статьи
10.31857/S0023476123600635-1
DOI
10.31857/S0023476123600635
Тип публикации
Статус публикации
Опубликовано
Авторы
Том/ Выпуск
Том 68 / Номер выпуска 6
Страницы
951-954
Аннотация
С помощью метода ускоренной молекулярной динамики проведено моделирование поведения димера, выделенного из кристаллической структуры тетрагонального лизоцима. Моделируемое время составило 240 нс. Проведено сравнение полученных данных с данными, полученными ранее с применением классической молекулярной динамики. Показано, что исследуемый димер стабилен в обоих экспериментах, однако метод ускоренной молекулярной динамики позволил выявить дополнительные конформационные изменения молекул лизоцима.
Ключевые слова
Дата публикации
15.09.2025
Год выхода
2025
Всего подписок
0
Всего просмотров
4

Библиография

  1. 1. Timofeev V., Samygina V. // Crystals. 2023. V. 13 (1). P. 71. https://doi.org/10.3390/cryst13010071
  2. 2. https://www.rcsb.org/stats/summary
  3. 3. Pusey M., Witherow W., Naumann R. // ScienceDirect. 1988. V. 90. P. 105. https://doi.org/10.1016/0022-0248 (88)90304-1
  4. 4. Kovalchuk M.V., Blagov A.E., Dyakova Y.A. et al. // Cryst. Growth Des. 2016. V. 16. № 4. P. 1792. https://doi.org/10.1021/acs.cgd.5b01662
  5. 5. Aaron Taudt, Axel Arnold, Jurgen Pleiss // Phys. Rev. E. 2015. V. 91. 033311. https://doi.org/10.1103/PhysRevE.91.033311
  6. 6. Kordonskaya Y.V., Timofeev V.I., Dyakova Y.A. et al. // Crystals. 2021. V. 11 (1). P. 1121. https://doi.org/10.3390/cryst11091121
  7. 7. Antonija Kuzmanic, Bojan Zagrovic // Biophys. J. 2014. V. 106. P. 677. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2013.12.022
  8. 8. Cerutti D.S., Trong I., Stenkamp R.E., Lybrand T.P. // Biochemistry. 2008. V. 47–46. P. 12065. https://doi.org/10.1021/bi800894u
  9. 9. Meinhold L., Merzel F., Smith J.C. // Phys. Rev. Lett. 2007. V. 99. 138101. https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.138101
  10. 10. Cerutti D.S., Trong I., Stenkamp R.E., Lybrand T.P. // J. Phys. Chem. B. 2009. V. 113. № 19. P. 6971. https://doi.org/10.1021/jp9010372
  11. 11. Kordonskaya Y.V., Marchenkova M.A., Timofeev V.I. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2020 V. 39 (18). P. 7223. https://doi.org/10.1080/07391102.2020.1803138
  12. 12. Kordonskaya Y.V., Timofeev V.I., Marchenkova M.A., Konarev P.V. // Crystals. 2022. V. 12. P. 484. https://doi.org/10.3390/cryst12040484
  13. 13. Nguyen H., Maier J., Huang H. et al. // J. Am. Chem. Soc. 2014. V. 136 (40). P. 13959. https://doi.org/10.1021/ja5032776
  14. 14. Onufriev A.V., Case D.A. // Annu. Rev. Biophys. 2019. V. 58. P. 275. https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-052118-115325
  15. 15. Marrink S.J., Risselada H.J., Yefimov S. et al. // J. Phys. Chem. B. 2007. V. 111. № 27. P. 7812. https://doi.org/10.1021/jp071097f
  16. 16. Sun F., Schroer C.F.E., Palacios C.R. et al. // PLoS Comput. Biol. 2022. V. 16 (4). E. 1007777. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007777
  17. 17. Pezeshkian W., Marrink S.J. // Curr. Opin. Cell Biol. 2021. V. 71. P. 103. https://doi.org/10.1016/j.ceb.2021.02.009
  18. 18. Thallmair S., Javanainen M., Fábián B. et al. // J. Phys. Chem. 2021. V. 125. (33). P. 9537. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c03665
  19. 19. Frallicciardi J., Melcr J., Siginou P. et al. // Nat. Commun. 2022. V. 13. P. 1605. https://www.nature.com/articles/s41467-022-29272-x
  20. 20. Korotkova P.D., Shumm A.B., Vladimirov Y.A. et al. // Journal of Surface Investigation: X-Ray, Synchrotron and Neutron Techniques. 2021. V. 15. № 4. P. 652.
  21. 21. Hamelberg D., Mongan J., McCammon J.A. // J. Chem. Phys. 2004. V. 120 (24). P. 11919. https://doi.org/10.1063/1.175565
  22. 22. Shaw D.E. et al. // Science. 2010. V. 330. P. 341. https://doi.org/10.1126/science.1187409
  23. 23. Marchenkova M.A. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2020. V. 38. № 17. P. 5159. https://doi.org/10.1080/07391102.2019.1696706
  24. 24. Dolinsky T.J. et al. // Nucl. Acids Res. 2004. V. 32. P. W665. https://doi.org/10.1093/nar/gkh381
  25. 25. Case D.A. et al. // J. Comput. Chem. 2005. V. 26. P. 1668. https://doi.org/10.1002/jcc.20290
  26. 26. Tian C. et al. // J. Chem. Theory Comput. 2020. V. 16. P. 528. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00591
  27. 27. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. et al. // J. Chem. Phys. 1983. V. 79 (2). P. 926. https://doi.org/10.1063/1.445869
  28. 28. Allen M.P., Tildesley D.J. // Computer simulation of liquids. New York: Oxford university press, 1991.
  29. 29. Hoover W.G., Ladd A.J.C., Phys B.M. // Phys. Rev. Lett. 1982. V. 48. 1818. https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.48.1818
  30. 30. Evans D.J., Chem J. // Chem. Phys. 1983. V. 77 (1). P. 63. https://doi.org/10.1016/0301-0104 (83)85065-4
  31. 31. Berendsen H.J.C. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
  32. 32. Kordonskaya Y.V., Timofeev V.I., Dyakova Y.A. et al. // Crystals. 2021. V. 11. P. 1534. https://doi.org/10.3390/cryst11121534
QR
Перевести

Индексирование

Scopus

Scopus

Scopus

Crossref

Scopus

Высшая аттестационная комиссия

При Министерстве образования и науки Российской Федерации

Scopus

Научная электронная библиотека