By this author

Temperature influence on the stability of the precursor cluster of the thermolysin crystal

Issue number 4 from 01.04.2024

С помощью метода молекулярной динамики проведена оценка стабильности кластера-прекурсора (гексамера) кристалла термолизина в широком диапазоне температур (10–90°C). Результаты моделирования показали, что с увеличением температуры стабильность гексамера в целом снижается, однако гексамер не распадается ни при одной из рассмотренных температур. При 60°C обнаружено повышение стабильности гексамера. Это значение близко к температуре максимальной ферментативной активности термолизина (70°C). Исходя из анализа результатов предположено, что кристаллизацию термолизина возможно провести при 60°C.

126 0

A New Method for Determining the Size of a Synchrotron Radiation Beam in the Focus of a Compound Refractive Lens

Issue number 1 from 01.01.2023

Предложен новый метод экспериментального определения размера пучка синхротронного излучения в фокусе планарных составных преломляющих линз. Метод состоит в измерении угловой расходимости излучения после фокуса с помощью брэгговской дифракции в совершенном кристалле при его вращении. Данный метод определяет размер пучка, зависящий только от фокусирующих свойств используемых линз, в отличие от других используемых в настоящее время методов. Экспериментально продемонстрирована эффективность предлагаемого подхода на примере нанофокусирующих планарных линз из кремния.

68 0

DEVELOPMENT OF X-RAY METHODS FOR STUDYING PROTEIN PLANAR SYSTEMS ON A LIQUID SURFACE USING SYNCHROTRON RADIATION

Issue number 1 from 01.01.2023

Представлены результаты исследования структуры ленгмюровских пленок лизоцима на поверхности жидкости, сформированных из кристаллизационных растворов с добавлением в качестве осадителя ряда хлоридов металлов. Методом рентгеновской рефлектометрии определены толщины и плотности исследуемых пленок, а методом стоячих рентгеновских волн в области полного внешнего отражения получены профили распределения концентрации атомов серы, содержащихся в молекулах белка, и ионов осадителей в приповерхностной области субфазы. На основе полученных результатов проведен анализ зависимости структуры формируемых пленок от использованного осадителя и некоторых особенностей применения методов рентгеновской рефлектометрии и стоячих рентгеновских волн в исследовании ленгмюровских пленок глобулярных белков на поверхности жидкости.

49 0

Subnanosecond X-ray diffraction technique for studying laser-induced polarization-dependent processes in KISI-Kurchatov

Issue number 2 from 01.02.2024

С помощью синхронизации наносекундных лазерных импульсов с электронными сгустками синхротронного источника КИСИ-Курчатов зарегистрирована динамика параметров дифракционного пика 0012 кристаллов LiNbO₃:Fe с временным разрешением менее 1 нс. Воздействие лазерного импульса (λ = 532 нм, t = 4 нс, плотность энергии 0.6 Дж/см²) при различных направлениях поляризации лазерного излучения вызывает изменение интенсивности пика, которое зависит от угла между направлением поляризации лазерного излучения и кристаллографическими осями. Полученные результаты дополнены вейвлет-анализом экспериментальных данных. Наблюдаемая поляризационная зависимость коррелирует с опубликованными данными о фотовольтаическом эффекте.

55 0

Applicability of the MARTINI coarse-grained force field for simulations of protein oligomers in crystallization solution

Issue number 5 from 01.05.2024

В кристаллизационных условиях смоделирована молекулярная динамика двух типов октамеров лизоцима в крупнозернистом силовом поле MARTINI. Сравнительный анализ полученных результатов с данными моделирования этих же октамеров в полноатомном поле Amber99sb-ildn показал, что октамер А демонстрирует бóльшую стабильность по сравнению с октамером В в обоих силовых полях. Таким образом, результаты моделирования молекулярной динамики октамеров с помощью обоих силовых полей согласуются. Несмотря на ряд различий в поведении белка в разных полях, они не влияют на справедливость данных, полученных с помощью MARTINI. Это подтверждает применимость силового поля MARTINI для изучения кристаллизационных растворов белков.

61 0

Experimental Study of the Method of X-ray Phase-Contrast Microscopy Using a Nanofocusing Lens at KISI-Kurchatov synchrotron source

Issue number 6 from 01.06.2024

Представлены результаты экспериментального исследования на источнике “КИСИ-Курчатов” новой схемы фазово-контрастной визуализации микрообъектов с использованием нанофокусирующей составной преломляющей линзы. Продемонстрирована визуализация с субмикронным пространственным разрешением френелевской зонной пластинки с шириной крайних зон менее 0.5 мкм. Установлено, что основной вклад в инструментальную функцию, ухудшающую пространственное разрешение, в проведенных экспериментах вносят вибрации элементов оптической схемы. Показана возможность использования предложенной схемы для оценки поперечного размера пучка в фокусе составной преломляющей линзы с учетом инструментальной функции.

57 0

Development of a subunit vaccine against virus of african svine virus based on cd2v protein with immunoinformatics and molecular dynamics methods

Issue number 6 from 01.06.2024

При помощи методов иммуноинформатики и молекулярной динамики рассчитана субъединичная вакцина против вируса африканской чумы свиней (АЧС). Смоделирована трехмерная структура выбранного иммуногенного белка вируса АЧС – CD2v, предсказана его топология относительно мембраны. Предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для надмембранной части CD2v, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности и токсичности. Для разработки субъединичной вакцины выделен наименее вариабельный участок на основе анализа консервативности предсказанных эпитопов. Для выбранного надмембранного участка методами молекулярной динамики проведены расчеты его стабильности в водно-солевом растворе и показана его структурная стабильность. Методом иммуномоделирования показано, что разработанная вакцина-кандидат способна вызывать стойкий иммунный ответ и не приводит к цитокиновому шторму.

50 0