By this author

Preparation and Crystallographic Analysis of a Complex of SARS-CoV-2 S-Protein Receptor-Binding Domain with a Virus-Neutralizing Nanoantibody

Issue number 6 from 15.09.2025

Коронавирус SARS-CoV-2 стал причиной глобальной пандемии COVID-19, унесшей миллионы жизней по всему миру. Одним из подходов к терапии тяжелых форм этого заболевания является использование препаратов вируснейтрализующих антител к рецепторсвязывающему домену (RBD) спайкового белка (S) вируса. Детальная структурная информация о конкретных эпитопах, узнаваемых такими вируснейтрализующими антителами, является важным аспектом усовершенствования существующих антител с целью расширения спектра узнаваемых вирусных штаммов. Получен стехиометрический комплекс вируснейтрализующего однодоменного антитела P2C5 и гликозилированной формы RBD S-белка SARS-CoV-2. Несмотря на большое количество условий, при которых наблюдается рост кристаллов комплекса, последние не дифрагируют предположительно ввиду гетерогенности, связанной с гликозилированием RBD. С целью повышения качества кристаллов в бактериальной системе экспрессии получена дегликозилаза PNGase F и проведено дегликозилирование RBD. Несмотря на сниженную растворимость дегликозилированной формы RBD, она сохраняет способность связываться с наноантителом P2C5, что приводит к формированию прочного гетеродимерного комплекса при гель-фильтрации. Получены кристаллы такого комплекса, дифрагирующие на лабораторном и синхротронном источниках до сходного разрешения ~4 Å. Установлены пространственная группа симметрии, параметры кристаллической ячейки и ее белковый состав.

16 0

Electron Microscopy Study of the Structure of the Sup35 Prion from Yeast Saccharomyces cerevisiae

Issue number 6 from 15.09.2025

Прионы являются инфекционным вариантом амилоидов, участвующих в патогенезе ряда нейродегенеративных заболеваний человека, в том числе болезней Альцгеймера и Паркинсона. Прионы дрожжей, в частности белок Sup35, представляют собой эффективную модель для изучения базовых свойств амилоидов. Штаммовые варианты прионной формы Sup35 лежат в основе конформационного разнообразия образованных им амилоидных структур, обладающих различающимися биологическими свойствами. Пространственная организация приона Sup35 до сих пор не установлена. Методом просвечивающей электронной микроскопии проведено исследование структуры штаммового варианта W прионного белка Sup35, выделенного ex vivo из дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Проведены оценка параметров фибриллы и реконструкция ее структуры с низким разрешением.

15 0

Structural Study of the Light-Harvesting Complex LH2 from the Purple Sulfur Bacteria Ectothiorhodospira haloalkaliphila by Cryoelectronic Microscopy

Issue number 6 from 15.09.2025

Первичные процессы фотосинтеза у пурпурных фотосинтезирующих бактерий происходят в светособирающих комплексах (Light-Harvesting, LH). В состав комплекса LH2 входят полипептиды, бактериохлорофилл и в большинстве случаев каротиноиды. Известны три пространственные структуры комплексов LH2 из пурпурных несерных бактерий, однако для пурпурных серных бактерий структуры с высоким разрешением не установлены. Описываются структурные исследования двух светособирающих комплексов LH2 из пурпурной серной бактерии Ectothiorhodospira haloalkaliphila, проведенные методом криоэлектронной микроскопии. Получены изображения каротиноидсодержащего (LH2+) и бескаротиноидного (LH2–) вариантов комплекса, демонстрирующие характерную архитектуру объектов данного типа. Проведена трехмерная реконструкция LH2+ с разрешением 4.5 Å, совпадающая с ранее установленной кристаллической структурой. Для LH2– показано наличие частиц различной морфологии.

16 0

Protein of unknown function from variovorax paradoxus with amino acid substitution n174k is able to form schiff base with plp molecule

Issue number 6 from 15.09.2025

Пиридоксаль-5´-фосфат (PLP)-зависимые ферменты являются одной из наиболее широко представленных групп ферментов в организме, где выполняют более 150 различных каталитических функций. На основании трехмерной структуры представители этой группы подразделяются на семь (I–VII) различных типов укладки. Связывание кофактора у этих ферментов происходит за счет образования основания Шиффа с консервативным остатком лизина, находящимся в активном центре. Недавно обнаруженный нами белок из бактерии Variovorax paradoxus (VAPA), относящийся по структуре к IV типу укладки и имеющий значительное структурное сходство с трансаминазами, содержит остаток аспарагина в положении каталитического лизина у трансаминаз IV типа укладки и, как следствие, не может образовывать основание Шиффа с PLP и не имеет аминотрансферазной активности. В работе получена мутантная форма белка VAPA с заменой N174K и установлена ее пространственная структура. Анализ полученных данных показал, что введенная мутация восстанавливает способность VAPA образовывать основание Шиффа с кофактором.

16 0