By this author

Structure of the carboxypeptidase t from <i>Thermoactinomyces vulgaris</i> complex with <i>L</i> - phenyl lactate

Issue number 3 from 01.03.2024

С разрешением 1.73 Å определена кристаллическая структура комплекса металлокарбоксипептидазы Т (КПТ) с L-фениллактатом. В отличие от панкреатической карбоксипептидазы А, связывающей одну молекулу L-фениллактата, в комплексе с КПТ лиганд занимает одновременно как S1, так и S1ʹ-сайты активного центра. При этом происходят конформационные изменения, отличающиеся от изменений, вызванных поочередным занятием S1 и S1ʹ-сайтов трет-бутил-оксикарбонил-L-лейцином (BOC-лейцином) и бензилянтарной кислотой. Эти изменения касаются остатков E277, E59, L254, G192, S127 и Y218 и достигают размаха 0.77 Å. Сделан вывод о возможной роли E59 в распознавании и катализе субстратов карбоксипептидазой Т.

115 0

Temperature influence on the stability of the precursor cluster of the thermolysin crystal

Issue number 4 from 01.04.2024

С помощью метода молекулярной динамики проведена оценка стабильности кластера-прекурсора (гексамера) кристалла термолизина в широком диапазоне температур (10–90°C). Результаты моделирования показали, что с увеличением температуры стабильность гексамера в целом снижается, однако гексамер не распадается ни при одной из рассмотренных температур. При 60°C обнаружено повышение стабильности гексамера. Это значение близко к температуре максимальной ферментативной активности термолизина (70°C). Исходя из анализа результатов предположено, что кристаллизацию термолизина возможно провести при 60°C.

126 0

Preparation, Crystallization, and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of Recombinant House Dust Mite Allergen Der p 3 from Dermatophagoides pteronyssinus

Issue number 1 from 01.01.2023

Получен высокоэффективный штамм-продуцент С3029/pGro7/pERDerp3 аллергена Der p 3 из клеща домашней пыли Dermatophagoides pteronyssinus, продуцирующий рекомбинантный белок в Escherichia coli в растворимой форме, и разработана методика очистки рекомбинантного аллергена. Методом диффузии паров растворителя выращены кристаллы рекомбинантного белка Der p 3, пригодные для рентгеноструктурного исследования. Дифракционный набор до разрешения 2.25 Å собран на синхротроне ESRF (Франция, станция ID23-1) при температуре 100 K. Кристаллы относятся к пр. гр. С121, в независимой части ячейки содержатся две молекулы фермента.

63 0

STRUCTURAL BIOINFORMATICS STUDY OF THE STRUCTURAL BASIS OF SUBSTRATE SPECIFICITY OF PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM THERMUS THERMOPHILUS

Issue number 2 from 01.02.2023

Проведено моделирование молекулярной динамики дикой формы белка пуриннуклеозидфосфорилазы с двумя субстратами – аденозином и гуанозином. Проведено аналогичное моделирование белка мутантной формы с теми же субстратами. Из полученных траекторий методом MM-GBSA оценено изменение свободной энергии при формировании полученных комплексов.

53 0

Molecular dynamics and small-angle x-ray scattering: a comparison computational and experimental approaches to studying the structure of biological complexes

Issue number 5 from 01.05.2024

Сопоставляются результаты изучения ДНК-белковых комплексов двумя независимыми структурными методами – молекулярной динамики (МД) и малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР). МД – это вычислительный метод, позволяющий визуализировать поведение макромолекул в условиях реальной среды, который базируется на законах физики, но страдает от многочисленных упрощений. МУРР – это рентгеновский метод, позволяющий восстановить трехмерную структуру объекта в растворе по одномерному профилю малоуглового рассеяния, при применении которого встает проблема неоднозначности решения обратных задач. Использование структурных характеристик комплексов, полученных методом МУРР, для валидации структурных 3D-моделей, полученных в МД-эксперименте, позволило значительно снизить амбивалентность теоретических предсказаний и показать эффективность сочетания методов МД и МУРР для решения задач структурной биологии.

52 0

Applicability of the MARTINI coarse-grained force field for simulations of protein oligomers in crystallization solution

Issue number 5 from 01.05.2024

В кристаллизационных условиях смоделирована молекулярная динамика двух типов октамеров лизоцима в крупнозернистом силовом поле MARTINI. Сравнительный анализ полученных результатов с данными моделирования этих же октамеров в полноатомном поле Amber99sb-ildn показал, что октамер А демонстрирует бóльшую стабильность по сравнению с октамером В в обоих силовых полях. Таким образом, результаты моделирования молекулярной динамики октамеров с помощью обоих силовых полей согласуются. Несмотря на ряд различий в поведении белка в разных полях, они не влияют на справедливость данных, полученных с помощью MARTINI. Это подтверждает применимость силового поля MARTINI для изучения кристаллизационных растворов белков.

61 0

Development of a subunit vaccine against virus of african svine virus based on cd2v protein with immunoinformatics and molecular dynamics methods

Issue number 6 from 01.06.2024

При помощи методов иммуноинформатики и молекулярной динамики рассчитана субъединичная вакцина против вируса африканской чумы свиней (АЧС). Смоделирована трехмерная структура выбранного иммуногенного белка вируса АЧС – CD2v, предсказана его топология относительно мембраны. Предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для надмембранной части CD2v, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности и токсичности. Для разработки субъединичной вакцины выделен наименее вариабельный участок на основе анализа консервативности предсказанных эпитопов. Для выбранного надмембранного участка методами молекулярной динамики проведены расчеты его стабильности в водно-солевом растворе и показана его структурная стабильность. Методом иммуномоделирования показано, что разработанная вакцина-кандидат способна вызывать стойкий иммунный ответ и не приводит к цитокиновому шторму.

50 0

Development of a submit candidate vaccine for the prevention of Dengue fever using immunoinformaics methods

Issue number 3 from 01.03.2025

На основе анализа надмембранных доменов капсидного белка вируса лихорадки Денге спроектирован прототип вакцины против данного вируса. Для предсказания структуры эпитопов с помощью нейронной сети AlphaFold2 смоделированы пространственные структуры доменов. В результате моделирования молекулярной динамики вакцин-кандидатов с использованием программного пакета Gromacs-2023 показано сохранение структурной стабильности всех исследуемых субдоменов. С помощью программы C-IMMSIMM предсказана способность вакцины-кандидата вызывать выраженный первичный и устойчивый вторичный клеточный иммунный ответ.

8 0

Investigation of subunit vaccine candidates against african swine fever vaccine candidates derived from subdomains of the transmembrane protein CD2v, using immunoinformatics and molecular dynamics metods

Issue number 3 from 01.03.2025

Вирус африканской чумы свиней (АЧС) остается глобальной угрозой для свиноводства, наносящей значительный экономический ущерб. Проведено теоретическое сравнение субъединичных вакцин-кандидатов на основе капсидного белка CD2v вируса АЧС. С использованием методов иммуноинформатики и молекулярно-динамического моделирования проведена оценка трех надмембранных субдоменов CD2v. Результаты демонстрируют, что все кандидаты нетоксичны, неаллергенны и способны индуцировать устойчивый иммунный ответ, включая длительную продукцию антител. Субдомен А выделен как наиболее перспективный благодаря высокой иммуногенности, несмотря на потенциальные сложности в экспрессии в Escherichia coli. Иммуномоделирование подтвердило активацию как первичного, так и вторичного иммунного ответа, а анализ структурной стабильности показал надежность кандидатов в физиологических условиях. Исследование представляет теоретическую основу для дальнейшей экспериментальной разработки субъединичных вакцин против вируса АЧС, сочетающих безопасность и эффективность.

8 0