By this author

Temperature influence on the stability of the precursor cluster of the thermolysin crystal

Issue number 4 from 01.04.2024

С помощью метода молекулярной динамики проведена оценка стабильности кластера-прекурсора (гексамера) кристалла термолизина в широком диапазоне температур (10–90°C). Результаты моделирования показали, что с увеличением температуры стабильность гексамера в целом снижается, однако гексамер не распадается ни при одной из рассмотренных температур. При 60°C обнаружено повышение стабильности гексамера. Это значение близко к температуре максимальной ферментативной активности термолизина (70°C). Исходя из анализа результатов предположено, что кристаллизацию термолизина возможно провести при 60°C.

126 0

DEVELOPMENT OF X-RAY METHODS FOR STUDYING PROTEIN PLANAR SYSTEMS ON A LIQUID SURFACE USING SYNCHROTRON RADIATION

Issue number 1 from 01.01.2023

Представлены результаты исследования структуры ленгмюровских пленок лизоцима на поверхности жидкости, сформированных из кристаллизационных растворов с добавлением в качестве осадителя ряда хлоридов металлов. Методом рентгеновской рефлектометрии определены толщины и плотности исследуемых пленок, а методом стоячих рентгеновских волн в области полного внешнего отражения получены профили распределения концентрации атомов серы, содержащихся в молекулах белка, и ионов осадителей в приповерхностной области субфазы. На основе полученных результатов проведен анализ зависимости структуры формируемых пленок от использованного осадителя и некоторых особенностей применения методов рентгеновской рефлектометрии и стоячих рентгеновских волн в исследовании ленгмюровских пленок глобулярных белков на поверхности жидкости.

49 0

Applicability of the MARTINI coarse-grained force field for simulations of protein oligomers in crystallization solution

Issue number 5 from 01.05.2024

В кристаллизационных условиях смоделирована молекулярная динамика двух типов октамеров лизоцима в крупнозернистом силовом поле MARTINI. Сравнительный анализ полученных результатов с данными моделирования этих же октамеров в полноатомном поле Amber99sb-ildn показал, что октамер А демонстрирует бóльшую стабильность по сравнению с октамером В в обоих силовых полях. Таким образом, результаты моделирования молекулярной динамики октамеров с помощью обоих силовых полей согласуются. Несмотря на ряд различий в поведении белка в разных полях, они не влияют на справедливость данных, полученных с помощью MARTINI. Это подтверждает применимость силового поля MARTINI для изучения кристаллизационных растворов белков.

61 0

Development of a subunit vaccine against virus of african svine virus based on cd2v protein with immunoinformatics and molecular dynamics methods

Issue number 6 from 01.06.2024

При помощи методов иммуноинформатики и молекулярной динамики рассчитана субъединичная вакцина против вируса африканской чумы свиней (АЧС). Смоделирована трехмерная структура выбранного иммуногенного белка вируса АЧС – CD2v, предсказана его топология относительно мембраны. Предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для надмембранной части CD2v, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности и токсичности. Для разработки субъединичной вакцины выделен наименее вариабельный участок на основе анализа консервативности предсказанных эпитопов. Для выбранного надмембранного участка методами молекулярной динамики проведены расчеты его стабильности в водно-солевом растворе и показана его структурная стабильность. Методом иммуномоделирования показано, что разработанная вакцина-кандидат способна вызывать стойкий иммунный ответ и не приводит к цитокиновому шторму.

50 0

Investigation of subunit vaccine candidates against african swine fever vaccine candidates derived from subdomains of the transmembrane protein CD2v, using immunoinformatics and molecular dynamics metods

Issue number 3 from 01.03.2025

Вирус африканской чумы свиней (АЧС) остается глобальной угрозой для свиноводства, наносящей значительный экономический ущерб. Проведено теоретическое сравнение субъединичных вакцин-кандидатов на основе капсидного белка CD2v вируса АЧС. С использованием методов иммуноинформатики и молекулярно-динамического моделирования проведена оценка трех надмембранных субдоменов CD2v. Результаты демонстрируют, что все кандидаты нетоксичны, неаллергенны и способны индуцировать устойчивый иммунный ответ, включая длительную продукцию антител. Субдомен А выделен как наиболее перспективный благодаря высокой иммуногенности, несмотря на потенциальные сложности в экспрессии в Escherichia coli. Иммуномоделирование подтвердило активацию как первичного, так и вторичного иммунного ответа, а анализ структурной стабильности показал надежность кандидатов в физиологических условиях. Исследование представляет теоретическую основу для дальнейшей экспериментальной разработки субъединичных вакцин против вируса АЧС, сочетающих безопасность и эффективность.

8 0