- Код статьи
- S3034551025060124-1
- DOI
- 10.7868/S3034551025060124
- Тип публикации
- Статья
- Статус публикации
- Опубликовано
- Авторы
- Том/ Выпуск
- Том 70 / Номер выпуска 6
- Страницы
- 976-983
- Аннотация
- Рациональный дизайн вакцин требует не только предсказания иммуногенных эпитопов, но и тщательной оценки структурной стабильности кандидатов и их способности эффективно взаимодействовать с рецепторами врожденного иммунитета. С помощью моделирования молекулярной динамики с использованием программного пакета Gromacs-2023 проведена оценка стабильности четырех вакцин-кандидатов и их комплексов с толл-подобными рецепторами. Структуры комплексов рассматриваемых химерных белков-кандидатов для вакцины против вируса Денге с внеклеточными доменами (эктодоменами) толл-подобных рецепторов человека TLR4 и TLR8 получены в результате молекулярного докинга, осуществляемого сервером ZDOCK. Оценка аффинности комплексов проводилась с помощью сервера PRODIGY.
- Ключевые слова
- Дата публикации
- 12.09.2025
- Год выхода
- 2025
- Всего подписок
- 0
- Всего просмотров
- 1
Библиография
- 1. Pourzangiabadi M., Najafi H., Fallah A. et al. // Infect. Genet. Evol. 2025. V. 127. P. 105710. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2024.105710
- 2. Parvizpour S., Pourseif M.M., Razmara J. et al. // Drug Discovery Today. 2020. V. 25. № 6. P. 1034. https://doi.org/10.1016/j.drudis.2020.03.006
- 3. Tulenev A.A., Timofeev V.I., Chernyavsky A.A. et al. // Crystallography Reports. 2025. V. 70. № 3. P. 470. https://doi.org/10.1134/S1063774524602600
- 4. Rakitina T.V., Smirnova E.V., Podshivalov D.D. et al. // Crystals. 2023. V. 13. № 10. P. 1416. https://doi.org/10.3390/cryst13101416
- 5. Kato K., Nakayoshi T., Fukuyoshi S. et al. // Molecules. 2017. V. 22. № 10. P. 1716. https://doi.org/10.3390/molecules22101716
- 6. Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2021. V. 40. № 16. P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
- 7. Moin A.T., Singh G., Ahmed N. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2022. V. 41. № 3. P. 833. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.2014969
- 8. El-Zayat S.R., Sibaii H., Mannaa F.A. // Bull. Natl. Res. Cent. 2019. V. 43. № 1. P. 187. https://doi.org/10.1186/s42269-019-0227-2
- 9. Akira S., Takeda K., Kaisho T. // Nat. Immunol. 2001. V. 2. № 8. P. 675. https://doi.org/10.1038/90609
- 10. Thada S., Horvath G.L., Müller M.M. et al. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. № 4. P. 1560. https://doi.org/10.3390/ijms22041560
- 11. Agu P.C., Afiukwa C.A., Orji O.U. et al. // Sci. Rep. 2023. V. 13. № 1. P. 13398. https://doi.org/10.1038/s41598-023-40160-2
- 12. Vakser I.A. // Biophys. J. 2014. V. 107. № 8. P. 1785. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.08.033
- 13. Paggi J.M., Pandit A., Dror R.O. // Annu. Rev. Biochem. 2024. V. 93. № 1. P. 389. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-030222-120000
- 14. Abramson J., Adler J., Dunger J. et al. // Nature. 2024. V. 630. P. 493. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
- 15. Choudhary P., Feng Z., Berrisford J. et al. // Database. 2024. V. 2024. P. baae041. https://doi.org/10.1093/database/baae041
- 16. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. № 8. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
- 17. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. et al. // J. Chem. Phys. 1983. V. 79. № 2. P. 926. https://doi.org/10.1063/1.445869
- 18. Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
- 19. Ke Q., Gong X., Liao S. et al. // J. Mol. Liq. 2022. V. 365. P. 120116. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120116
- 20. Bernetti M., Bussi G. // J. Chem. Phys. 2020. V. 153. № 11. P. 114107. https://doi.org/10.1063/5.0020514
- 21. Bussi G., Donadio D., Parrinello M. // J. Chem Phys. 2007. V. 126. № 1. P. 014101. https://doi.org/10.1063/1.2408420
- 22. Cuendet M.A., van Gunsteren W.F. // J. Chem. Phys. 2007. V. 127. № 18. P. 18410. https://doi.org/10.1063/1.2779878
- 23. Pierce B.G., Wiehe K., Hwang H. et al. // Bioinformatics. 2014. V. 30. № 12. P. 1771. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu097
- 24. Xue L.C., Rodrigues J.P., Kastritis P.L. et al. // Bioinformatics. 2016. V. 32. № 23. P. 3676. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw514
