Везде

ОФНКристаллография Crystallography Reports

  • ISSN (Print) 0023-4761
  • ISSN (Online) 3034-5510

Ивановский А. С.

  • Международный исследовательский институт интеллектуальных материалов Южного федерального университета
  • Международный исследовательский институт интеллектуальных материалов Южного федерального университета
Код пользователя
84517

Статьи автора

  • Исследование субъединичных вакцин-кандидатов против африканской чумы свиней, сконструированных из субдоменов трансмембранного белка CD2v, с использованием методов иммуноинформатики и молекулярной динамики

    Вирус африканской чумы свиней (АЧС) остается глобальной угрозой для свиноводства, наносящей значительный экономический ущерб. Проведено теоретическое сравнение субъединичных вакцин-кандидатов на основе капсидного белка CD2v вируса АЧС. С использованием методов иммуноинформатики и молекулярно-динамического моделирования проведена оценка трех надмембранных субдоменов CD2v. Результаты демонстрируют, что все кандидаты нетоксичны, неаллергенны и способны индуцировать устойчивый иммунный ответ, включая длительную продукцию антител. Субдомен А выделен как наиболее перспективный благодаря высокой иммуногенности, несмотря на потенциальные сложности в экспрессии в Escherichia coli. Иммуномоделирование подтвердило активацию как первичного, так и вторичного иммунного ответа, а анализ структурной стабильности показал надежность кандидатов в физиологических условиях. Исследование представляет теоретическую основу для дальнейшей экспериментальной разработки субъединичных вакцин против вируса АЧС, сочетающих безопасность и эффективность.
    14 0

  • Исследование предкристаллизационного раствора лизоцима методом ускоренной молекулярной динамики

    С помощью метода ускоренной молекулярной динамики проведено моделирование поведения димера, выделенного из кристаллической структуры тетрагонального лизоцима. Моделируемое время составило 240 нс. Проведено сравнение полученных данных с данными, полученными ранее с применением классической молекулярной динамики. Показано, что исследуемый димер стабилен в обоих экспериментах, однако метод ускоренной молекулярной динамики позволил выявить дополнительные конформационные изменения молекул лизоцима.
    9 0

  • Применение кристаллической структуры спайкового белка SARS-CoV-2 для разработки пептидной противовирусной вакцины

    На основе спайкового белка вируса SARS-CoV-2 предсказан белок, который может вызывать иммунный ответ. Методом молекулярной динамики подтверждена стабильность белка в растворе. Иммуномоделирование показало, что данный белок вызывает иммунную реакцию и, соответственно, может служить прототипом вакцины.
    6 0

  • Поиск новых потенциальных Т- и В-клеточных эпитопов в спайковом белке SARS-CoV-2

    Современная эпидемиологическая обстановка, в том числе новый вирус SARS-CoV-2 и его высокая мутагенность, требуют принципиально новых сроков создания вакцин, что может быть достигнуто только за счет применения современных вычислительных технологий и моделирования. С использованием методов иммуноинформатики найдены эпитопы в спайковом белке вируса SARS-CoV-2, для найденных эпитопов предсказаны их аллергенность и иммуногенность, показано, что на основе данных эпитопов возможно сконструировать вакцину против SARS-CoV-2.
    6 0

  • Поиск потенциальных эпитопов в оболочечном белке вируса африканской чумы свиней

    Смоделирована пространственная структура оболочечного белка вируса африканской чумы свиней, рассчитана его топология относительно клеточной мембраны, предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для этого белка, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности, токсичности. Изучены вариабельность аминокислот в белке и консервативность найденных эпитопов. Показано, что на основе найденных эпитопов возможна разработка новой пептидной вакцины против африканской чумы свиней.
    6 0

  • Применение данных белковой кристаллографии и машинного обучения для разработки пептидной вакцины против африканской чумы свиней

    Проанализирован геном африканской чумы свиней и выявлен белок, способный служить иммуногеном. Для водорастворимого фрагмента данного белка методом молекулярной динамики показано, что он стабилен в водно-солевом растворе. Иммуномоделирование показало, что данный фрагмент вызывает клеточный ответ, следовательно, может быть использован в качестве прототипа вакцины.
    6 0

  • Разработка субъединичной вакцины против вируса африканской чумы свиней на основе белка cd2v с использованием методов иммуноинформатики и молекулярной динамики

    При помощи методов иммуноинформатики и молекулярной динамики рассчитана субъединичная вакцина против вируса африканской чумы свиней (АЧС). Смоделирована трехмерная структура выбранного иммуногенного белка вируса АЧС – CD2v, предсказана его топология относительно мембраны. Предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для надмембранной части CD2v, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности и токсичности. Для разработки субъединичной вакцины выделен наименее вариабельный участок на основе анализа консервативности предсказанных эпитопов. Для выбранного надмембранного участка методами молекулярной динамики проведены расчеты его стабильности в водно-солевом растворе и показана его структурная стабильность. Методом иммуномоделирования показано, что разработанная вакцина-кандидат способна вызывать стойкий иммунный ответ и не приводит к цитокиновому шторму.
    8 0

Индексирование

Scopus

Scopus

Scopus

Crossref

Scopus

Высшая аттестационная комиссия

При Министерстве образования и науки Российской Федерации

Scopus

Научная электронная библиотека