Статьи автора

Исследование структурных основ субстратной специфичности пуриннуклеозидфосфорилазы из <i>Thermus Thermophilus</i> методами структурной биоинформатики

Номер выпуска 2 от 15.09.2025

Проведено моделирование молекулярной динамики дикой формы белка пуриннуклеозидфосфорилазы с двумя субстратами – аденозином и гуанозином. Проведено аналогичное моделирование белка мутантной формы с теми же субстратами. Из полученных траекторий методом MM-GBSA оценено изменение свободной энергии при формировании полученных комплексов.

11 0

Исследование предкристаллизационного раствора лизоцима методом ускоренной молекулярной динамики

Номер выпуска 6 от 15.09.2025

С помощью метода ускоренной молекулярной динамики проведено моделирование поведения димера, выделенного из кристаллической структуры тетрагонального лизоцима. Моделируемое время составило 240 нс. Проведено сравнение полученных данных с данными, полученными ранее с применением классической молекулярной динамики. Показано, что исследуемый димер стабилен в обоих экспериментах, однако метод ускоренной молекулярной динамики позволил выявить дополнительные конформационные изменения молекул лизоцима.

2 0