By this author

X- RAY DIFFRACTION ANALYSIS REVEALED THE ROLE OF THE L254 RESIDUE IN THE RECOGNITION OF THE SUBSTRATE BY CARBOXYPEPTIDASE T FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS

Issue number 4 from 01.04.2025

Получены кристаллические структуры комплексов мутантного белка L254N карбоксипептидазы Т со стабильными аналогами переходного состояния N-сульфамоил-L-глутаматом, -сульфамоил--аргинином, -сульфамоил--валином и -сульфамоил--лейцином (разрешение 2.05, 1.89, 2.30, 1.79 Å). Обнаружена зависимость констант ассоциации этих ингибиторов, а также эффективности катализа соответствующих трипептидных субстратов ZAAX от расстояний между атомами лиганда О15, О16, О20, Т19 и активного центра мутантного белка N146, Y225 и E277. Эта зависимость значительно отличается от выявленной ранее зависимости для карбо-ксипептидазы Т дикого типа. Полученные результаты свидетельствуют об участии лейцина 254, входящего в состав подвижной петли металлокарбоксипептидаз, в дискриминации субстратов карбоксипептидазой Т по типу индуцированного соответствия.

59 0

CALCULATION OF THE STABILITY OF CANDIDATE VACCINES FOR THE PREVENTION OF DENGUE FEVER AND THEIR COMPLEXES WITH TOLL-LIKE RECEPTORS USING MOLECULAR DYNAMICS

Issue number 6 from 12.09.2025

Рациональный дизайн вакцин требует не только предсказания иммуногенных эпитопов, но и тщательной оценки структурной стабильности кандидатов и их способности эффективно взаимодействовать с рецепторами врожденного иммунитета. С помощью моделирования молекулярной динамики с использованием программного пакета Gromacs-2023 проведена оценка стабильности четырех вакцин-кандидатов и их комплексов с толл-подобными рецепторами. Структуры комплексов рассматриваемых химерных белков-кандидатов для вакцины против вируса Денге с внеклеточными доменами (эктодоменами) толл-подобных рецепторов человека TLR4 и TLR8 получены в результате молекулярного докинга, осуществляемого сервером ZDOCK. Оценка аффинности комплексов проводилась с помощью сервера PRODIGY.

6 0